(一)建立健全独立的内审机构。行政事业单位,特别是行政主管部门设立独立的内部审计机构,是搞好系统内部审计的基本保证。在对行政事业单位机构实施改革的时候,我们不能强行要求各行政事业单位都要设立内部审计机构,但是各行业的行政事业主管部门应设立独立的内部审计机构,如果行业主管部门都没有独立的内部审计机构,势必不利于内部审计工作的正常开展。行业行政主管部门内部审计部门的独立性应强调与其它职能部门相对独立,特别要求的是与财务、纪检、监察部门分设,不能有行政隶属关系,内部审计机构要在本单位主要负责人的直接领导下,独立行使内部审计职能,对本单位主要领导负责并报告工作。(二)建立健全行政事业单位的内部控制监督体系一是充分发挥媒体的舆论监督作用,定期对违法乱纪行为进行曝光;二是加强财政、税务、审计等部门的合作,形成有力的监督合力,充分发挥审计机关、社会审计机构的权威性的监督作用,定期或不定期对行政事业单位内部会计控制制度进行评价,以杜绝单位负责人滥用职权所造成的内部会计控制制度形同虚设的现象发生;三是财政部门作为会计工作的主要外部监督者,应进一步硬化预算约束,加强财政监督,强化绩效理念,规范收入分配,建立有效的激励机制和全面科学的绩效评价体系,提高单位的依法理财积极性,以及建立健全内控制度的自觉性。(三)建立合理有效的内部控制审计标准化管理一是在审计目标上,坚持查找内部控制缺陷和优化内部控制相结合。行政事业单位内部控制的审查评价既要揭示本单位的内部控制缺陷和漏洞,更要持续不懈地促进内部控制的优化,为行政事业单位科学履职提供有力保障。二是在审计方式上,实现事后审计与事前事中审计结合,审计重心前移,实施全过程跟踪、“同步”控制和突出“环节”控制,不但关注控制过程,还重点控制结果,达到降低风险成本,突出增值目标;三是在审计形式上,坚持整合审计和单一审计相结合.既可以采取全面内部控制或专项内部控制审计的形式,也可根据“整合审计”理念,将内部控制审计与和业务审计、信息技术审计、财务审计有机整合起来;四是在审计内容上,坚持全面内部控制审计与专项内部控制审计相结合。一方面,对本单位的内部控制情况进行全面、系统地审查评价;另一方面,还可以对政策贯彻落实、业务管理、财务收支、信息安全等内部控制进行专项审计。(四)培养复合型审计人才,提高审计人员的判断能力一是加强对内审人员的职业技能培训,提高内审人员的专业胜任能力,通过举办审计项目现场观摩会、评比会等形式,使内审人员掌握更多的业务知识和政策法规,鼓励内审人员参加国际注册内部审计师和审计专业技术资格考试;二是严格遵守职业道德规范,保证以客观、公正态度参与审计项目检查,敢于坚持原则,善于协调好审计与被审计的关系,赢得被审计对象的信任和尊重;三是完善内审人员业绩考评办法,要充分引入人才竞争激励机制,实行奖罚并重,择优上岗,把承担的工作任务和取得的绩效与个人利益直接挂钩,创造平等竞争机会,激发内审人员积极性,实现个人目标和组织目标有机统一。同时对审计监督应作为而不作为、作为不到位、作为效率低下,应追究相关内审人员责任,有效地保证内审工作质量。(五)健全内控审计管理制度健全相关法律法规行政事业单位应当加强内部控制审计制度的建设,在严格遵循国家法律法规的基础上,结合单位面临的实际情况,建立健全内部控制审计制度,随时关注现有流程中的控制措施是否全面涵盖了风险,这些控制措施设计是否合理,是否形成了充分的控制证据,控制措施是否在相关规章制度中予以体现。应该根据情况的变化和出现的问题对相应的内部控制制度作出及时修正或建立新的内控制度。不断的进行自我评估和改进,使审计工作具有权威性,避免使内部控制审计成为一纸空谈。