补偿标准、被征收人权利保护方面存在区别,具体如下:一是补偿标准不同。集体土地上房屋的征收一般采取重置成本进行补偿,实践中各地普遍根据房屋的性质、结构、使用期限等因素确定具体的补偿标准。国有土地上的房屋征收补偿则采取由评估机构评估的市场价格进行补偿。二是权利人救济渠道不同。《土地管理法实施条例》第25条规定,集体土地征收时,“对补偿标准有争议的,由县级以上地方人民政府协调;协调不成的,由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。”采取裁决的方式解决补偿纠纷。而国有土地上房屋征收时,按《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定,“被征收人对补偿决定不服的,可以依法申请行政复议,也可以依法提起行政诉讼。”参考资料: 集体土地上房屋拆迁能否适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》(中华人民共和国国土资源部)