增值税专用发票认证抵扣的流程如下:一、用认证扫描设备以及登录认证软件来认证增值税专用发票:1、把扫描设备与电脑连接后----再登录认证软件----选择扫描仪设备;2、选择扫描仪----选择企业----点击专用发票网上认证----单张扫描(如果想用手工输入发票内容就可以在这里输入发票内容的)----保存数据;3、认证通过后----点击通知书----下载认证结果通知书----打印结果清单----就完成认证操作了。二、也可拿到税务局的柜台里叫工作人员帮忙认证的,或者直接到自动认证机器上认证的。三、只要把增值税专用发票认证抵扣过,在填制增值税纳税申报表时,就会自动提取认证抵扣的进项税额的。